Olá, está falando de um backup?

não seria bem um backup. uso o webmail para receber as mensagens, que tem capacidade para 1 GB, e está cheio. Pensei em salvar no micro para poder ler quando precisasse e apagar as mensagens do webmail ( que é o servidor ).

Basta migrar de imap para pop.

Alterando de IMAP para POP

só precisa fazer esta alteração ou tem mais alguma configuração?

Acredito que sim, mas como não sou usuário do thunderbird, não tenho certeza se é necessário alterar mais alguma configuração.