Tem alguma maneira de recuperá-los? Já tive problemas com o sistema operacional algumas vezes e se acontecesse de novo perderia todos os emails.

Verifique na sua lixeira, talvez algumas mensagens tenham sido movidas para lá, ou entre em contato com seu provedor é possível que eles consigam recuperar os email perdidos.

Quando você marcar a opção Manter mensagens no servidor, você precisa configurar por quanto tempo elas devem ser mantidas, ou por um numero determinado numero de dias ou até você deleta-las ou move-las.

Mas se você gostaria de manter as mensagens no servidor eu aconselho você a usar IMAP, é muito mais proveitoso neste caso.

Veja:

• Migre de uma conta POP para IMAP
• Sincronização IMAP

Eu desmarquei temporariamente a opção de deletar quando o programa estava baixando os email, mas a remarquei logo depois. Deixando ela marcada agora funciona normal.

Obrigado pelos links, talvez eu continue com o pop3, porque prefiro que as mensagens sejam baixadas completamente, isso pode ser feito em imap também?

Obrigado pelo retorno

A única diferença entre POP e IMAP é que no modo IMAP uma copia dos emails ficam no web mail, veja a vantagem, você terá acesso a todos os seus email em qualquer lugar enquanto no POP somente na sua maquina configurada com aquela conta.