If you open Thunderbird in offline mode. You can delete that message. If you want to keep it, either let it download or (if it is an IMAP-account, go to webmail and move it to another folder. Then you can download it when you have time. (Google translate) Если вы откроете Thunderbird в автономном режиме. Вы можете удалить это сообщение. Если вы хотите сохранить его, либо пусть это загрузить или (если это IMAP-аккаунт, перейдите на веб-почты и переместить его в другую папку. Затем вы можете загрузить его, когда у вас есть время.

I would like to add that on a POP account you also need to delete it from the server, using web-mail

(Гугл переводчик) Я хотел бы добавить, что на счету POP вы также должны удалить его с сервера, используя веб-почту