L'impostazione dovrebbe salvarsi automaticamente. Se Thunderbird non salva le impostazione, è probabile che ci sia un problema in qualche file di configurazione che può essere bloccato (per esempio dall'antivirus) o danneggiato. Come primo tentativo prova a cambiare l'impostazione con Thunderbird in Modalità risoluzione dei problemi -> https://support.mozilla.org/it/kb/modalita-risoluzione-problemi-thunderbird